Untuk sampai ke pantai Ngeden dari Yogyakarta harus bisa melewati Jalan Wonosari – Sampaan – Piyungan – Bukit Bintang – Sambipitu – Hutan Bunder – Gading.
Dari Gading pertigaan sesudah lapangan udara ke arah kanan menuju Playen – Tumpak – Pasar Playen – Kapanewon Playen – Pasar Paliyan – Pusat latihan TNI AD.
Dari pusat Latihan TNI masih lurus ke selatan sesudah ada telaga belok ke kanan – Polsek Saptosari – Jalan Jalur Lingkar Selatan – Lapangan Saptosari lurus kemudian sampai di pertigaan depan balai Kalurahan Jetis.
Dari sini kemudian belok kiri ke SMPN 2 Saptosari – SDN Bibis sampai ke pertigaan belok kanan dan memasuki jalan Cor blok di sana terdapat papan petunjuk menuju lokasi pantai Ngeden.
Selain itu juga ada rute yang lebih sederhana sebagai alternatif yaitu dimulai dari Yogyakarta melewati Bantul – Imogiri – Tanjakan Siluk – Panggang – Saptosari – Kalurahan Krambilsawit – Dusun Bedalo dan akhirnya menuju lokasi pantai Ngeden.
Jadi, untuk menuju ke pantai ini bisa menggunakan transportasi pribadi berupa motor maupun mobil.