Ponjong yang kini menjadi kota Kapanewon ternyata pernah menjadi ibukota Kabupaten Gunungkidul, Daerah Istimewa Yogyakarta, ketika kabupaten ini pertama berdiri pada 1831 di bawah kepemimpinan Mas Tumenggung Poncodirjo. namun tidak berapa lama ketika pucuk pimpinan digantikan oleh Raden Tumenggung Prawirosetiko, pusat pemerintahan dipindah ke Wonosari yang sebelumnya bernama Wonoasri.
Pada awal berdiri, Pemerintahan Kadipaten Gunungkidul memiliki wilayah mulai dari Bunder hingga Tambakromo meliputi Bunder, Beji, Wero, Playen, Piyaman, Seneng dan Kepanjen Semanu yang dipimpin Panji Hardjodipuro. Di luar wilayah ini masih merupakan hutan belantara, termasuk hutan Nongko Doyong yang kini menjadi Kota Wonosari.
Salah satu prestasi terbaru dari Kapanewon Ponjong adalah diraihnya Piagam Kalpataru oleh R. Haryo Ambar Suwadi dari Presiden SBY untuk kategori pembina lingkungan hidup pada tahun 2012. Sebagai Camat Ponjong, R. Haryo Ambar Suwadi, telah melakukan berbagai kegiatan di antaranya pembuatan hutan rakyat, pembuatan hutan Kalurahan, gerakan sekolah hijau, program konservasi hutan, penghijauan telaga, taman kota, merintis pondok pesantren berwawasan lingkungan serta berbagai kegiatan yang lain. Dengan berbagai dedikasi yang dilakukan oleh Haryo Ambar Suwadi akhirnya beliau mendapatkan penghargaan Kalpataru kategori pembina lingkungan. Ini kebanggaan bagi Pemkab Gunungkidul. Di samping itu Kalurahan Ponjong juga sebagai pemenang dalam Lomba Penghijauan dan Konservasi Alam Tingkat Nasional Tahun 2011.