Gua Pertapan adalah gua yang digunakan untuk pertapaan. Gua pertapaan ini ada dua. Keduanya terletak di daerah bernama Pulutan, Kalurahan Wediombo, Kapanewon Girisubo, Gunungkidul, Daerah Istimewa Yogyakarta tepatnya di tepi Pantai Pulutan.
Gua ini memiliki ornamen-ornamen gua yang indah, seperti stalagtit dan stalagmite. Ketika kita menelusuri gua ini, kita harus melewati jalan-jalan gua yang sempit dan tebing-tebing gua yang terjal.
Hal ini menambah keunikan dari gua ini. Seperti namanya, gua ini juga sering dijadikan sebagai tempat bertapa, bahkan masih digunakan hingga sekarang.
Konon, dulu banyak orang-orang sakti berkunjung di tempat ini. Masih ada penduduk sekitar tempat ini berangkat ke gua ini bila ingin bertapa atau setidaknya menenangkan diri bila mempunyai masalah.
Gua pertapaan yang kedua lebih menjorok ke laut, sehingga ketika air laut pasang, air laut ikut masuk sampai ke dalam gua. Gua pertapaan yang kedua ini aman dimasuki saat air laut surut Gua ini telah banyak dikunjungi oleh banyak pengunjung dan sama seperti halnya gua pertapaan pertama, gua ini juga sering dijadikan sebagai tempat bertapa sampai sekarang. Banyak ceritacerita mistik yang terkandung di tempat ini. Bila anda ingin mencapai tempat ini, anda harus merelakan sebagian kaki anda basah karena untuk mencapai tempat ini anda harus melewati bagian tepi Pantai Jungwok.