Zona Selatan disebut wilayah pengembangan Gunung Seribu (Duizon gebergton atau Zuider gebergton), dengan ketinggian 0m – 300m di atas permukaan laut. Batuan dasar pembentuknya adalah batu kapur dengan ciri khas bukit-bukit kerucut (Conical limestone) dan merupakan kawasan karst.
Pada wilayah ini banyak dijumpai sungai bawah tanah. Zone Selatan ini meliputi kecamatan Saptosari, Paliyan, Girisubo, Tanjungsari, Tepus, Rongkop, Purwosari, Panggang, Ponjong bagian selatan, dan Semanu bagian selatan.
Terdapat 60.000 bukit berjajar, nyaris memenuhi zona ini, tanpa menyisakan kawasan pedataran, dengan pelembahan yang relatif sempit. Jenis tanah dominan tanah kapur, dengan ketebalan yang relatif tipis dan miskin unsur hara, sehingga produktivitas relatif rendah.
Kondisi ini menyebabkan penduduknya sulit mengembangkan kegiatan usaha di sektor pertanian. Sangat sulit dijumpai sungai di atas permukaan tanah. Beberapa alur sungai yang muncul ke permukaan, kemudian masuk lagi ke dalam permukaan tanah melalui gua dan muncul kembali di kawasan pantai selatan.
Air tanah dapat diketemukan pada kedalaman 60 – 120 meter atau lebih. Pada zona ini sering mengalami bencana kekeringan. Diperkirakan terdapat 260.000 jiwa yang mendiami zona ini selalu mengalami kekurangan air setiap tahun.
Jenis tanaman yang dapat tumbuh, terutama tanaman tahunan seperti: jati, sonokeling, randu, akasia, mahoni, kelapa di beberapa lokasi di pesisir. Tanaman pangan hanya dapat diusahakan di musim penghujan.
Tanaman buah yang cukup cocok dibudidayakan adalah: mangga dan srikaya. Secara administrasi zona ini mencakup: Kecamatan Panggang, Paliyan, Tepus, Saptosari, Rongkop, Semanu bagian selatan dan Ponjong bagian selatan.