Keberadaan Gua Longop di Padukuhan Ngawis, Kapanewon Karangmojo, Gunungkidul, Daerah Istimewa Yogyakarta, memiliki nilai penting bagi sejarah, ilmu pengetahuan, dan kebudayaan. Bagi sejarah, Gua Longop merupakan bukti perkembangan kebudayaan manusia prasejarah di wilayah Yogyakarta.
Gua hunian masa prasejarah menyimpan banyak informasi mengenai sejarah kehidupan manusia pada masa tersebut. Hal ini dapat terlihat dari temuan hasil ekskavasi berupa manik-manik, alat tulang, kereweng, kulit kerang, dan tulang binatang.
Gua Longop juga memiliki nilai penting bagi ilmu pengetahun khususnya bagi ilmu arkeologi, dan sejarah. Gua hunian masa Prasejarah menyimpan banyak temuan arkeologi yang berguna bagi berbagai disiplin ilmu pengetahuan. Situs gua hunian masa prasejarah merupakan bukti konkret adanya kehidupan dan peradaban manusia masa prasejarah yang sifatnya nomaden, yang dapat digunakan sebagai objek pembelajaran bagi masyarakat khususnyailmu arkeologi, sejarah, dan budaya.
Dari segi kebudayaan, eksistensi gua hunian masa prasejarah tersebut membuktikan bahwa Gunungkidul memiliki peninggalan kebudayaan yang jauh lebih tua sehingga memperkaya khazanah budaya Indonesia, khususnya di Daerah Istimewa Yogyakarta.”