Nama Pantai Watu Kodok, di Kalurahan Kemadang, Kapanewon Tanjungsari, Kabupaten Gunungkidul, Daerah Istimewa Yogyakarta, terdiri dari dua suku kata. Watu berarti “batu”, sedangkan “kodok” berarti “katak atau kodok“. Asal mula penamaan pantai ini berkaitan dengan sejarah ditemukannya sebuah patung Watu kodok.
Terdapat sebuah patung di dalam goa yang berada di sisi barat pantai. Gua dapat djangkau ketika air laut tengah surut. Patung batu yang bentuknya mirip kodok ini dikeramatkan oleh masyarakat setempat. Setiap satu tahun sekali, warga Pantai Watu Kodok menggelar upacara adat pada Bulan Sura.
Selain itu, sejarah nama pantai watu kodok versi lain menyebutkan berasal dari kata watu ndodok (jongkok). Karena ketika masa Perang Dunia II tahun 1949 lokasi ini digunakan sebagai tempat nongkrong tentara Belanda dan pengungsian warga Gunungkidul.
Akan tetapi, ada pula anggapan bahwa nama Watu Kodok berasal dari batu karang yang bentuknya menyerupai kodok. Entah bagaimana kebenarannya. Namun, satu yang pasti, panti di Jogja ini memiliki keindahan yang sangat menawan.
Pengelolaan Pantai Watu Kodok diserahkan kepada masyarakat sekitar. Sebuah paguyuban yang mengelola kawasan wisata pantai kodok bernama Pokdarwis Watu Kodok.